കേരളത്തിലെ ക്രിസ്തുമത ചരിത്രത്തിലെ പ്രധാന സംഭവമാണ് കൂനന്‍ കുരിശ് സത്യം. 1599 ജൂണ്‍ 20 മുതല്‍ 26 വരെ ഉദയംപേരൂരിലെ സിറിയന്‍ കത്തോലിക്കാ പള്ളിയില്‍ നടന്ന സുനഹദോസ് ആണ് ഇതിന് അടിസ്ഥാനം. സിറിയന്‍ ക്രിസ്ത്യാനികളെ നെസ്തോറിയന്‍ ആചാരങ്ങളില്‍ നിന്നും വിശ്വാസങ്ങളില്‍ നിന്നും മോചിപ്പിച്ച് റോമിലെ മാര്‍പാപ്പയുടെ കീഴില്‍ കൊണ്ടുവരാനായി ലത്തീന്‍ കുര്‍ബാന ഏര്‍പ്പെടുത്തുക എന്നതായിരുന്നു പ്രധാന ഉദ്ദേശ്യം. പോര്‍ച്ചുഗീസുകാരുടെ മതാധിപത്യം അടിച്ചേല്‍പ്പിക്കാനുള്ള തീരുമാനത്തിനെതിരെ സുറിയാനി ക്രിസ്ത്യാനികള്‍ പ്രതിഷേധം ആരംഭിച്ചു. സുനഹദോസ് തീരുമാനപ്രകാരം യൂറോപ്പിലെ ലത്തീന്‍ മെത്രാന്മാര്‍ സഭാ ഭരണം ഏറ്റെടുത്തു. എന്നാല്‍, അധികാരം നഷ്ടപ്പെട്ട ആര്‍ച്ചുഡീക്കന്‍ തോമസും ഇട്ടിതൊമ്മന്‍ കത്തനാരും ചേര്‍ന്ന് മെത്രാനെ അയച്ചു തരാനായി ജറൂസലമിലേക്ക് കത്തെഴുതി. ഇവിടേക്ക് പുറപ്പെട്ട ഇഗ്നാത്തിയോസ് അഹത്തുള്ള എന്ന യാക്കോബായ മെത്രാനെ പോര്‍ച്ചുഗീസുകാര്‍ മൈലാപ്പുരില്‍ തടഞ്ഞുവെച്ചു. റോമില്‍ നിന്നയച്ച മെത്രാനെ കൊച്ചിയില്‍ നിന്ന് യൂറോപ്പിലേക്ക് തിരിച്ചയക്കാന്‍ പോര്‍ച്ചുഗീസുകാര്‍ പദ്ധതിയിട്ടതറിഞ്ഞ് ജനം കൊച്ചിയില്‍ തടിച്ചുകൂടി. പിന്നീട് അഹത്തുള്ളയെ കടലില്‍ കെട്ടി താഴ്ത്തിയെന്ന കിംവദന്തി പരന്നു. ഇതോടെ ജനം മട്ടാഞ്ചേരിയില്‍ ഒത്തുകൂടി കൂനന്‍ കുരിശില്‍ വലിയ വടം കെട്ടി അതില്‍ തൊട്ട് ആര്‍ച്ച് ബിഷപ്പുമാരെ അനുസരിക്കില്ളെന്ന് സത്യം ചെയ്തു. ഈ സംഭവത്തിനു ശേഷമാണ് ക്രിസ്ത്യാനികളില്‍ റോമാ സുറിയാനികളെന്നും യാക്കോബായാ സുറിയാനികളെന്നും രണ്ടു വിഭാഗമുണ്ടായത്.